Le CAPES a été élaboré et évalué en tant que précurseur du réseau national de connaissances (CLKNET) pour lequel le gouvernement du Burkina a sollicité l'initiative de la Fondation, en collaboration avec d'autres bailleurs de fonds. La première phase du CAPES a été lancée en août 2002, à travers un don de 1 600 000 $ EU de l'ACBF. Au cours de cette phase, le CAPES a réussi à renforcer substantiellement les capacités nationales en matière d'analyse des politiques et de gestion du développement dans les principaux ministères en charge des affaires économiques. En conséquence, le CAPES a assis une importante crédibilité au sein du gouvernement et parmi la communauté des donateurs. Un seconde don de 1 700 000 $EU a été accordé au CAPES pour la seconde phase du projet qui, lancée en juillet 2008, était supposée être bouclée en novembre 2010. Dans le cadre de cette seconde phase, l’accent particulier a été mis sur le renforcement des capacités pour appuyer la mise en œuvre de la Stratégie de croissance et de réduction de la Pauvreté (CSLP-II) du Burkina Faso.
Le but de CAPES consiste à améliorer la gestion économique, et l'élaboration participative de politiques, fondée sur des preuves au Burkina Faso.